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主要学术著作有《由史入思》（2018）、《什么是科学》（2016）、《希腊空间概念》（2010）、《技术哲学讲演录》（2009）、《时间的观念》（2006）、《追思自然》（1998），另有《科学的故事》、《科学史笔记》、《科学的历程》、《现代化之忧思》、《反思科学讲演录》、《科学走向传播》、《吴国盛科学博物馆图志》等。